Pojezierze suwalskie zawsze kojarzyło się z długa zima i gorącym latem. I jest w tym sporo racji. Pokrywa śnieżna zalega te tereny o kilkanaście dni dłużnej niż w innych regionach kraju. Ma na to wpływ położenie tego obszaru, najbardziej na północny wschód wysunięty podlega wpływom arktycznych mas powietrza. Średnia roczna temperatura wynosi 6 stopni Celsjusza, podczas gdy w Warszawie około 7,5 stopnia. Wiosna przychodzi tu późno a jesień wcześniej. Okres wegetacyjny jest najkrótszy w kraju. Pojezierze cechuje stosunkowo duża liczba opadów atmosferycznych. Najwięcej opadów jest w miesiącach: listopadzie, grudniu, styczniu i wiosną w kwietniu i maju. Jak widać to, oprócz rejonów górskich najsurowszy teren Polski. W Wiżajnach znajduje się polski biegun zimna. To tu padają rekordowo niskie temperatury zimowe. Ludzie mieszkający w tym regionie, przyzwyczajeni do ostrych zim, narzekają na ocieplenie klimatu, że to już nie to, co dawniej :)