Największym zbiornikiem wodnym Pojezierza Suwalskiego jest jezioro Wigry. To klejnot Wigierskiego Parku Narodowego, będący pod ścisłą ochroną tak, jak cała okolica jeziora. 2117 hektarów wody z 17. wyspami, z krętą linią brzegową stanowi raj dla żeglarzy i rybaków. Na półwyspie znajduje się zabytkowy Klasztor Kamedulski. W pobliskiej okolicy Wigier znajduje się ponad 60 jezior, które tworzą zespół prawigier; dawniej połączone z jeziorem Wigry. Niedaleko Suwałk, skryte w lesie znajduje się jezioro Krzywe, tłumnie odwiedzane przez suwalczan. Z większych akwenów wodnych warto wymienić jeziora: czyste, o krystalicznej wodzie Garbaś, Hańcza, Rospuda, Ożewo, oraz piękny Szelment Wielki. Granicznym i najczystszym akwenem jest jezioro Gaładuś. Granica państwowa dzieli to jezioro na dwie części:litewską i polską. Bardzo głębokie, obfite w ryby jest mekką wędkarzy z dalszych rejonów Polski, którzy dopiero niedawno odkryli ten teren.