Gleby Pojezierza Suwalskiego bardzo różnią się między sobą, w zależności od części obszaru. Środkowa i północna część pojezierza to gleby gliniaste, a także brunatne; w części południowej bardziej piaszczyste i żwirowe. Oczywiście w rejonie torfowisk i bagien występują charakterystyczne dla takich miejsc muły i torf. Na Pojezierzu Suwalskim najlepiej widoczna jest działalność cofającego się lodowca skandynawskiego. Strome wzgórza i moreny czołowe nad akwenami wodnymi, pagórkowaty teren na polach i lasach, płaskie tereny rozległych równin. To wszystko pozostałości polodowcowe. Jak widać, teren jest bardzo zróżnicowany i niezmienny od milionów lat, mimo ruchów tektonicznych ziemi. Duża część pojezierza leży w dorzeczu Niemna, część należy do dorzecza Wisły. Uprawa tego typu gleby jest dosyć uciążliwa dla rolników. Gatunkowo należy do klasy średniej, a krótki okres wegetacyjny nie wspomaga rolnictwa.