Ogromne połacie lasów, bagien, łąk i torfowisk są wizytówka tego regionu. Flora pojezierza jest znacząco odmienna od innych regionów Polski. Ma na to wpływ klimat Suwalszczyzny , arktyczno-kontynentalny i stosunkowo młody wiek regionu. Lodowiec skandynawski dosyć późno wycofał się z tego obszaru. Typowym drzewem lasów jest świerk. Z bardziej wyjątkowych i charakterystycznych dla pojezierza jest wierzba lapońska o srebrzysto-szarych liściach i brzoza niska rosnąca nad torfowiskami. Na jeziornej tafli pływają liście i kwiaty grążela żółtego lub białego. Roślinność nad wodnymi zbiornikami to przede wszystkim tatarak, trzcina. Wiosna lasy pełne są rozkwitających przylaszczek, konwalii majowej i zawilców. Grzyby, jagody, poziomki , borówki, maliny są bogactwem lasów suwalskich. Pojezierze suwalskie sprawia wrażenie bardziej zalesionego niż inne regiony Polski dzięki licznym zagajnikom, zwanych lasankami i obrośniętych krzewami torfowisk.